Historiju muzeja možemo podijeliti u nekoliko faza. Prva faza, od osnivanja 1945. do useljenja u muzejsku zgradu 1963. godine, podrazumijeva rad na uspostavljanju fundusa muzeja i formiranju muzejskog tima. Među ključnim događajima u drugoj fazi institucionalne historije (od 1963. do 1992. godine) je otvaranje prve stalne postavke muzeja – 25. novembra 1966. godine. Ovim događajem započinje zlatna era muzeja: muzej postaje centar edukativnih, istraživačkih i produkcijskih dešavanja u bosanskohercegovačkoj muzeologiji. Sakupljačka djelatnost građe sa cijelog teritorija BiH, postepeno je dovela do transformacije muzeja u organiziranu i stručno osposobljenu muzejsku ustanovu, koja je potom pružala pomoć ostalim institucijama u realizaciji stalnih muzejskih postavki. Pokretanje periodične publikacije “Zbornik radova”, te proučavanje muzejske teorije i prakse, napravilo je velike pomake na polju muzeografije Bosne i Hercegovine. Muzej djeluje na polju umrežavanja muzeja i memorijalnih institucija Bosne i Hercegovine – stvara se generalna koncepcija muzejske mreže i muzej producira stalne postavke memorijalnih jedinica u čitavoj zemlji. Dodatni podstrek muzeju u daljnjem radu bilo je odlikovanje Ordenom bratstva i jedinstva sa zlatnim vijencem, koje je muzejskom osoblju uručio Josip Broz Tito. Treća faza u radu muzeja započela je raspadom Jugoslavije i hronološki se poklapa sa ratom u Bosni i Hercegovini. U period od 1992. godine do 1995. je zgrada muzeja na ratnoj liniji koja se naziva “aleja snajpera”. Muzejsko osoblje i pored otežavajućih uvjeta, svakodnevno održava muzejske zbirke. Zgrada je oštećena, a eksponati prebačeni ih viših etaža u sigurnije muzejske depoe. Muzej je 1993. godine preimenovan u Historijski muzej Bosne i Hercegovine, a njegova tematska struktura i raspon muzeoloških funkcija su znatno povećani.